Selama periode pertumbuhan ini, pada tahun 2002, Hajizadeh dilaporkan menandatangani kontrak yang melibatkan pembangunan fasilitas nuklir bawah tanah rahasia di Parchin.

Hajizadeh naik pangkat di Angkatan Udara IRGC setelah menjalani tujuh jabatannya sebagai komandan.

Pada pertengahan tahun 2000-an, Hajizadeh diangkat  menjadi komandan Pertahanan Udara IRGC.

Pada tahun 2005, Moghaddam diangkat menjadi wakil komandan Angkatan Udara IRGC.

Hajizadeh kemudian menceritakan dalam sebuah wawancara bahwa panglima IRGC saat itu pernah ingin menunjuk Moghaddam sebagai komandan, tapi dia menolak.

Hajizadeh akhirnya menjadikomandan pada tahun 2009, sementara Moghaddam, sang mentor di awal karirnya, menjabat sebagai wakilnya.

Pada tahun 2009, pemimpin tertinggi Iran mereorganisasi Angkatan Udara IRGC menjadi Angkatan Dirgantara IRGC, yang menggabungkan program luar angkasa yang serius yang fokusnya mencakup pengembangan kendaraan peluncuran satelit yang menggabungkan teknologi yang relevan dengan pengembangan rudal balistik, termasuk sistem jarak jauh.

Setelah memimpin IRGC-AF, karier Hajizadeh secara umum konsisten dengan beberapa pendahulunya, terutama Hossein Dehghan, yang juga naik jabatan dari wakil komandan menjadi komandan pada tahun 1980an dan awal 1990an.

Masa Awal kepemimpinan Hajizadeh di IRGC-AF sempat terjadi masalah. Pada bulan Oktober 2010, sebuah ledakan terjadi di pangkalan rudal IRGC dekat Khorramabad.

Setahun kemudian, pada bulan November 2011, ledakan terjadi di pangkalan militer lain dekat Bidganeh, yang menewaskan Hassan Tehrani Moghaddam, sang mentor Hajizadeh.

Operasi semacam itu dianggap sebagai upaya sabotase yang dilakukan Israel.

Media Inggris, Guardian saat itu mengklaim, “pangkalan di kedua pangkalan tersebut menampung rudal Shahab-3 Iran, berdasarkan desain Korea Utara. Varian yang ditingkatkan dikatakan memiliki jangkauan 1.200 mil, yang memungkinkannya mencapai Israel."

Hajizadeh juga merupakan orang yang dapat diandalkan untuk "membanggakan diri" atas nama Republik Islam mengenai pencapaian teknologi militernya.

Pada tahun 2022, ia menyatakan IRGC dapat menerbangkan 60 UAV (drone) sekaligus dan daya tembak rudal telah meningkat lebih dari 6 hingga 7 kali lipat, dan waktu persiapan penembakan telah dikurangi.

Pada tahun yang sama dia mengklaim Iran telah mengembangkan rudal balistik hipersonik “untuk melawan perisai pertahanan udara dan diyakini mampu menembus semua sistem pertahanan anti-rudal.”

Para pejabat AS meragukan Iran benar-benar mengembangkan rudal semacam itu.

Uni Eropa memberikan sanksi kepada Hajizadeh pada tahun 2022, mereka menyatakan bahwa sang jenderal“bertanggung jawab atas pasokan UAV ke Federasi Rusia untuk digunakan dalam perang agresi melawan Ukraina.