6. Tertutup dan Miliki Militer Khusus
Hal lain yang menjadi kontroversi di Ponpes ini ialah aktivitasnya yang terbilang janggal. Termasuk dalam pola perekrutan, pungutan uang, hingga tidak adanya akses umum. Hal ini disampaikan dalam kajian MUI pada tahun 2020. Bahkan, para di ponpes ini juga ada kelompok militer yang dilengkapi dengan anjing jenis Herder dan German Shepherd.
7. Penyimpangan Tafsir Al Quran
Menurut LBM NU Jawa Barat, Ponpes Al Zaytun melakukan penyimpangan terhadap tafsir Al Quran. Hal ini bahkan tidak ada kesesuaian dengan ajaran Ahlusunah Wal Jamaah
(Redaksi)