Pada 1338, Ashikaga Takauji, yang merupakan keturunan Minamoto, dianugerahi gelar shogun dan mendirikan Keshogunan Ashikaga.
Markas besar Ashikaga berada di distrik Muromachi di Kyoto. Pada lima dekade pertamanya, keshogunan ini harus menghadapi keturunan Kaisar Daigo yang menentang otoritas mereka.
Setelah Perang Onin (1467-1477 M), kekuatan Keshogunan Ashikaga perlahan berkurang dan akhirnya digulingkan pada 1573 M.
Keshogunan Tokugawa (1603-1868 M)
Dengan berakhirnya Keshogunan Ashikaga, Oda Nobunaga dan penggantinya, Toyotomi Hideyoshi, naik ke tampuk kekuasaan, memerintah menggunakan gelar Bupati Kekaisaran.
Mereka mendapatkan kekuasaan yang jauh lebih besar daripada seharusnya, tetapi tidak pernah secara resmi diberikan gelar shogun.
Hideyoshi dianggap oleh banyak sejarawan sebagai salah satu penguasa terbesar Jepang, yang sempat mencoba menguasai China dengan melakukan dua kali serangan ke Korea, tetapi gagal dan meninggal.
Setelah itu, Tokugawa Ieyasu merebut kekuasaan dan mendirikan keshogunan di Edo (sekarang Tokyo). Pada 1603, Tokugawa Ieyasu akhirnya dinobatkan sebagai shogun setelah berhasil menunjukkan bahwa dirinya adalah keturunan Minamoto.
Masa kekuasaan Keshogunan Tokugawa berlangsung hingga 1868, saat shogun terakhir yang bernama Tokugawa Yoshinobu menyerahkan kekuasaannya kepada Kaisar Meiji dalam peristiwa Restorasi Meiji.
(Redaksi)