Masjid baru selesai bangun satu dekade selanjutnya, atau sekitar tahun 1891.

Masjid Shiratal Mustaqiem mulanya adalah bangunan sederhana dari bahan kayu ulin.

Bangunannya cukup kokoh dengan penompang empat pilar kayu utuh.

Habib Sayyid Abdurrahman bin Muhammad Asseggaff, yang bergelar Pangeran Bendahara, dibantu oleh para tokoh dan warga Samarinda Seberang membangun masjid bersejarah ini.

Pembangunan Masjid Shiratal Mustaqiem, mendapat dukungan penuh oleh Sultan Aji Muhammad Sulaiman, Sultan Kutai Kertanegara Ing Martapura, kala itu.

Rasa syukur bergemuruh setelah pembangunan masjid rampung pada 27 Rajab 1311 Hijriyah atau tahun 1891.

Sultan Aji Muhammad Sulaiman, diberu kehormatan untuk meresmikan masjid.

Sang Sultan lalu didapuk menjadi imam salat untuk pertama kalinya, dilaksanakan di Masjid Shiratal Mustaqiem.

Menara masjid baru dibangun 20 tahun kemudian. Menara dibangun oleh saudagar kaya asal Belanda, Henry Dasen, pada tahun 1901.