2. Adanya Jarak 

Dalam ajaran Islam yang sesuai dengan Al Quran dan Hadist, salat yang benar ialah merapatkan barisan salat agar tidak ada bagian yang kosong ketika berjamaah. Namun, di Ponpes ini justru menerapkan hal sebaliknya. Para jemaah diharuskan untuk jaga jarak.

3. Melantunkan Havenu Shalom Alachem 

Selain shaf salat yang menjadi kontroversi. Hal lain yang ramai dibahas ialah lantunan lagu Havenu Shalom Alachem. Pimpinan Ponpes Al Zaytun Panji Gumilang, bahkan memimpin langsung para jemaahnya bernyanyi lagu tersebut. Di mana lagu ini merupakan salam khas agama Yahudi yang termasuk haram untuk dinyanyikan seorang muslim.

4. Terafiliasi NII 

 Ponpes Al Zaytun juga terafiliasi sebagai Negara Islam Indonesia (NII). Bahkan, pada tahun 2002 lalu, Majelis Ulama Indonesia (MUI) pernah menemukan ajaran sesat berkaitan dengan NII KW IX. Di mana hal tersebut merupakan gerakan pemberontakan bersenjata yang terpecah menjadi kelompok teroris.

 5. Boleh Berzina 

Hal yang paling menyimpang menurut warganet ialah adanya aturan diperbolehkannya berzina untuk santri yang memiliki banyak uang. Lantaran untuk dosa para pelaku zina tersebut bisa hilang dengan tebusan uang. Hal ini diungkapkan oleh Tokoh NII, Ken Setiawan.