Berikut Koleksi Satwa Gembira Loka Jogja:
Zona Burung
Zona Burung berisikan berbagai macam jenis burung endemik Indonesia dan mancanegara, seperti Kakatua Amazon, Penguin Jackass, Elang Bondol, Nuri Abu-abu Afrika, Beluk Ketupa, Elang Ular Bido, Kakatua Maluku, Undan Kacamata, Makau Merah-Hijau, Kasuari Gelambir Dua, dan Itik Benjut.
kemudian ada juga Merak Hijau, Belibis Polos, Angsa Hitam, Elang Brontok, Kakatua Raja, Mambruk Viktoria, Nuri Dusky, Nuri Raja Ambon, Perkici Pelangi, Kacamata Fisher, Nuri Kepala Hitam, dan Mandar Besar. Ada juga Trulek Topeng, Parkit Matahari, Nuri Tanimbar, Nuri Hitam, Nuri Maluku, Jagal Papua, Julang Emas, Beluk Jempuk, Elang Laut Perut Putih, Flamingo Kecil, Jalak Putih, Kakatua Tanimbar, Delimukan Zamrud, dan Kecembang Gadung.
Pengunjung dapat berinteraksi dengan burung di Taman Burung setiap Senin-Jumat pukul 09.30-15.45 WIB, Sabtu-Minggu pukul 07.00-16.00 WIB, dan hari libur nasional 09.30-16.00 WIB.
Zona Cakar
Zona Cakar berisikan hewan-hewan karnivora seperti Harimau Sumatra, Macan Dahan Sunda, Beruang Madu, Macan Tutul Jawa, Kucing Bakau, Otter Sero Ambrang, Singa Afrika, dan Serval.
Zona Mamalia
Zona Mamalia berisikan para mamalia seperti Gajah Sumatra, Tapir Brazil, Ankole Watusi, Kuda Nil, Binturong, Coatimundi, Meerkat, dan Kapibara.
Zona Petting Zoo